Pesquisas
Integradas

Pesquisadores

  • Marcelo S. Reis, Milton Y. Nishiyama-Jr, Vincent Nöel,
  • Matheus H. Dias, Junior Barrera e Hugo A. Armelin.

ARTISiN
Conjunto de Repositórios e Ferramentas

para Identificação de Redes Sinalizadoras

A missão do CeTICS é descobrir e caracterizar quimicamente alvos moleculares de toxinas de veneno, que que tendem a iniciar respostas biológicas de interesse na terapia e fisiopatologia humana. Com o intuito de cumprir nossa missão, os subprojetos do CeTICS geram uma grande quantidade de dados ômicos heterogêneos de baixa e larga escala e cuja complexidade desafia os esforços analíticos para desvendar os conhecimentos biológicos ainda ocultos. Analiticamente, existe uma necessidade inicial de armazenamento e organização dos big data produzidos em um repositório interno, com categorização, segurança e controle de acesso adequados. Em última análise, os dados ômicos podem gerar mapas moleculares estáticos, que consistem em diagramas de descrição da interação entre espécies químicas em um determinado contexto biológico. Entretanto, os mapas estáticos não são suficientes para desvendar as dinâmicas subjacentes das vias sinalizadoras de células, pois eles só permitem uma análise qualitativa combinatória das espécies químicas. Assim, é necessário construir modelos dinâmicos quantitativos de redes sinalizadoras moleculares presentes nestes mapas. Portanto, propusemos a plataforma ARTISiN, um conjunto de repositórios e ferramentas, tanto públicos como criados internamente, para identificação de redes sinalizadoras e avaliação de aspectos mecanísticos de suas ações. ARTISiN permite o armazenamento e organização de dados de ômicos de baixa e larga escala, produção de mapas estáticos de redes sinalizadoras, assim como assistência para desenhar, ajustar e simular modelos dinâmicos de subredes extraídos desses mapas.

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Projetos Atuais

  • CeTICSdb (cetics.butantan.gov.br/ceticsdb), um repositório on-line de código aberto para produção de mapas estáticos a partir de dados ômicos heterogêneos de baixa e alta escala.
  • SigNetSim (cetics.butantan.gov.br/signetsim), um repositório on-line de código aberto para construção de modelos dinâmicos quantitativos de redes moleculares sinalizadoras.
  • Integração de CeTICSdb, SigNetSime e outras ferramentas e repositórios públicos baseada em MAS – um sistema multi-agente. Esse sistema composto está em desenvolvimento.
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